FreeCADで作成したファイルをExportした際に破損したSTLファイルが生成されることがある 

これを高品質でリペアしてくれるサービスを無料でMSが提供している

https://tools3d.azurewebsites.net/

こいつで修正してダウンロードしたファイルは3mfファイルだが、Meshmixerで開いてSTL形式でExportすればOK

 綺麗になった